Proti předchozím verzím doznalo největší změny prostředí programu a grafika. Grafický výstup je tvořen integrovaným programem AXUM, který je součástí nového S-PLUS 4.0. Tím je možno hotové grafy editovat (včetně národní diakritiky), identifikovat jednotlivé body, přímo v grafu vyhlazovat data apod. S-PLUS 4.0 má kromě standardní komunikace v Command window také menu, z něhož je možné spouštět většinu výpočtů. Novinkou je rovněž Object Browser pro symbolické programování dynamických struktur typu data-filtr-metoda-výstup. Rozsáhlá je také podpora konektivity v rámci prostředí Windows jako ODBC, OLE, DDE, import/export grafiky a dat, export do Power Pointu. Z nových metod jsou nejpodstatnější rozšíření shlukové analýzy, výpočetně intenzivní bootstrap techniky odhadů a lineární i nelineární regresní modely se smíšenými efekty.

Z hlediska datových objektů systém S-PLUS rozlišuje čtyři následující typy:

• datový rámec (výše uvedená tabulka se řádky a sloupci, kde sloupce mohou být různých typů - číselné nebo textové),
• matice (obdoba matice mezivýsledků u systému STATGRAPHICS Plus, která se ale ukládá do zvláštního souboru; sloupce jsou stejných typů, lze zadávat názvy sloupců i řádků),
• vektor (například časová řada),
• seznam (seznam všech typů datových objektů).